ส่วนใหญ่ถูกจัดอยู่ในสกุล Crocodylus ส่วนอีกสกุลที่เหลือ คือ Osteolaemus เป็นสกุลที่มีสปีชีส์เดียว

• สกุล Crocodylus
  • จระเข้อเมริกา (American Crocodile), Crocodylus acutus
  • จระเข้ปากแหลม (Slender-snouted Crocodile), Crocodylus cataphractus
  • จระเข้โอริโนโก (Orinoco Crocodile), Crocodylus intermedius
  • จระเข้น้ำจืดออสเตรเลีย (Freshwater Crocodile), Crocodylus johnstoni
  • จระเข้ฟิลิปปินส์ (Philippines Crocodile), Crocodylus mindorensis
  • จระเข้มอเรเล็ต (Morelet's Crocodile), Crocodylus moreletii
  • จระเข้แม่น้ำไนล์ (Nile Crocodile), Crocodylus niloticus
  • จระเข้นิวกินี (New Guinea Crocodile), Crocodylus novaeguineae
  • จระเข้มักเกิล (Mugger Crocodile, Marsh Crocodile หรือ Persian Crocodile), Crocodylus palustris
  • จระเข้น้ำเค็ม (Saltwater Crocodile), Crocodylus porosus
  • จระเข้คิวบา (Cuban Crocodile), Crocodylus rhombifer
  • จระเข้น้ำจืด (Siamese Crocodile), Crocodylus siamensis
• สกุล Osteolaemus
  • จระเข้แคระ (Dwarf crocodile), Osteolaemus tetraspis
• † Crocodylus anthropophagus
• † Crocodylus checchiai
• † Crocodylus falconensis
• † Crocodylus palaeindicus
• † Crocodylus thorbjarnarsoni